주상복합 재개발 시 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화의 매입세액 안분계산 시 면적 비율을 적용하는 것은 법령상 허용되는 합리적인 안분 방법 중 하나입니다.
부가가치세법상 공통매입세액은 원칙적으로 공급가액 비율로 안분하는 것이 기본이나, 건물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적 비율을 우선 적용할 수 있습니다. 이후 실제 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산하는 절차를 거치게 됩니다.
따라서 면적 비율을 적용하는 것 자체가 문제는 아니나, 실지귀속이 가능한 면적을 구분하지 않고 전체를 면적 비율로 안분하거나, 정산 절차를 누락하는 경우 세무상 리스크가 발생할 수 있습니다. 구체적인 안분 계산 방식이 사업장의 실질과 부합하는지, 정산 의무를 이행하고 있는지 점검하시기 바랍니다.