근로계약서에 주휴일 대체 조항이 있더라도, 연차유급휴가를 개별 근로자와의 합의로 대체하는 것은 근로기준법 제62조 위반으로 법적 효력이 인정되지 않을 가능성이 매우 높습니다.
근로기준법 제62조에 따라 연차유급휴가를 특정 근로일로 대체하기 위해서는 반드시 '근로자대표와의 서면 합의'가 있어야 합니다. 이는 근로자 집단을 대표하는 자와 집단적인 합의를 거쳐야 한다는 의미이며, 개별 근로자와의 합의는 법에서 정한 요건을 충족하지 못합니다.
결론적으로, 근로계약서상의 주휴일 대체 조항과 연차유급휴가 대체는 별개의 법적 절차를 따르므로, 연차 대체 시에는 반드시 근로자대표와의 집단 서면 합의 절차를 준수하시기 바랍니다.
