적격합병 과세특례를 적용받으려는 피합병법인은 법인세 과세표준 신고 시 '합병과세특례신청서(법인세법 시행규칙 별지 제42호 서식)'를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 또한, 합병법인은 '자산조정계정에 관한 명세서(법인세법 시행규칙 별지 제46호 서식)'를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출해야 합니다.
적격합병 요건을 충족하는 경우, 과세표준 신고기한 내에 해당 신청서를 제출하지 못했더라도 과세특례를 적용받을 수 있다는 유권해석이 있으나, 원칙적으로는 법령에 따라 기한 내에 서류를 갖추어 제출하는 것이 중요합니다. 신고서에는 합병법인 및 피합병법인의 인적 사항, 합병등기일 등 필수 기재 사항을 포함해야 합니다.