사업자 단위 과세 사업자로 등록하면 기존에 각 사업장별로 부여되었던 사업자등록번호는 말소되고, 본점 또는 주사무소의 사업자등록번호 하나로 통일됩니다.
사업자 단위 과세 제도를 적용받게 되면 본점 또는 주사무소의 사업자등록번호가 해당 사업자의 유일한 등록번호가 되며, 기존에 운영하던 지점(종된 사업장)들은 별도의 사업자등록번호를 가지지 않게 됩니다. 이에 따라 부가가치세 신고·납부, 세금계산서 발급 등 모든 납세 의무는 본점의 사업자등록번호를 기준으로 통합하여 이행하게 됩니다.
다만, 실무적으로는 본점의 사업자등록번호를 사용하되, 각 종된 사업장을 구분하기 위해 본점 사업자번호 뒤에 종사업장 번호(0번은 본점, 1번부터는 각 종사업장)를 부여하여 관리하게 됩니다. 따라서 세금계산서 발급 시에도 본점의 인적사항을 기재하되, 비고란에 실제 재화나 용역을 공급하는 종된 사업장의 상호와 소재지를 기재하여 거래처가 해당 사업장을 식별할 수 있도록 해야 합니다.