이전에 신고한 부가가치세를 납부하지 않아 체납된 상태라면, 이번 신고로 발생한 환급세액은 해당 미납 세액에 우선 충당되며, 충당 후 남은 금액이 있는 경우에만 환급받을 수 있습니다.
세무서장은 국세환급금이 발생한 경우 이를 체납된 국세 및 강제징수비에 우선 충당해야 할 의무가 있습니다. 따라서 환급금을 현금으로 바로 돌려받는 것이 아니라, 미납된 세금을 먼저 갚는 과정으로 처리됩니다.
주요 처리 절차는 다음과 같습니다.
만약 체납된 세액이 환급세액보다 많다면 환급금 전액이 충당되고도 미납 세액이 남게 되며, 이 경우 별도의 환급금은 발생하지 않습니다. 또한, 체납된 국세가 여러 건이라면 소멸시효가 먼저 도래하는 것부터 순차적으로 충당됩니다.