선금 정산은 어떤 선금인지에 따라 방식이 달라집니다. 질문만으로는 어떤 선금인지 특정되지 않아, 실무에서 자주 쓰이는 두 가지 경우를 나누어 설명드립니다.
과세사업과 면세사업을 함께 하는 사업자가 공통으로 쓴 매입세액은 처음부터 정확히 나누기 어렵기 때문에, 일단 예정신고 때 잠정적으로 나누어 공제하고 나중에 공급가액이 확정되면 정산합니다.
예를 들어 여러 과세기간에 걸쳐 공통매입세액이 발생했고, 나중에 실제 공급가액이 모두 확인되면 그 시점까지의 공통매입세액 합계에 실제 과세·면세 비율을 적용해 최종 공제액을 다시 계산하고, 앞서 공제받은 금액과의 차이를 정산합니다.
연금보험료를 미리 내는 선납은 신청 시점과 실제 부과 시점에 따라 추산 단계와 확정 단계로 나뉘어 정산됩니다.
부동산임대용역처럼 2개 과세기간 이상에 걸쳐 계속 제공하고 대가를 선불로 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간 종료일을 공급시기로 보아 정산하는 방식이 적용될 수 있습니다. 또 사업자가 용역 대가를 미리 받고 나중에 실제 제공 실적에 따라 정산하는 계약도 있는데, 이 경우에는 계약 조건과 공급시기 규정에 따라 처리 방식이 달라집니다.