육아휴직 기간 중 회사에서 급여를 지급하는 경우 원천세는 어떻게 되나요?

육아휴직 기간 중 회사가 지급하는 급여는 지급 주체와 성격에 따라 원천징수 여부가 달라집니다.

• 고용보험에서 지급되는 육아휴직 급여는 「소득세법」 제12조 제3호 마목에 따라 비과세 근로소득이므로, 회사가 원천징수할 소득세가 없습니다.
• 회사가 자체 규정·보수 지급 기준에 따라 추가로 지급하는 급여(통상임금 차액 보전, 보전수당 등)는 원칙적으로 과세 대상 근로소득입니다. 이 경우 회사는 간이세액표 등에 따라 소득세와 지방소득세를 원천징수하고, 연말정산에도 반영해야 합니다.
• 사업주가 출산전후휴가급여를 근로자에게 먼저 지급하고 대위신청한 경우에도, 그 급여는 「고용보험법」 제75조의2에 따른 대위분을 포함해 비과세 소득으로 봅니다.

실무에서 자주 혼동하는 포인트는 다음과 같습니다.

• 휴직 중이라도 회사가 지급하는 보수(상여금 포함)는 과세 소득이며, 고용·산재보험료 부과 대상이 될 수 있습니다.
• 국민연금과 건강보험은 휴직 중 보수 유무에 따라 납부 예외·납부고지 유예 등 별도 행정처리가 적용될 수 있지만, 이는 원천징수 자체와는 다른 절차입니다.
• 회사가 지급하는 출산지원금이나 6세 이하 자녀 보육수당은 별도 비과세 한도 규정이 적용될 수 있으나, 육아휴직 기간 중 회사 급여와는 구분해서 봐야 합니다.

따라서 육아휴직 중 회사 지급분이 고용보험 급여를 대신한 것인지, 회사 자체 보전금인지를 먼저 구분하고, 회사 지급분이라면 원천징수 대상 급여로 처리하는 것이 원칙입니다. 실제 처리 방식은 사내 보수규정, 지급 명목, 지급 시기, 고용보험 급여와의 관계에 따라 달라질 수 있으므로, 해당 지급 내역을 기준으로 원천징수 여부를 확인하시는 것이 좋습니다.