한국과 일본에서 모두 양도소득이 발생한 상황이라면, 단순히 신고 대행 여부를 정하기보다 어느 쪽이 비과세·과세 판정, 외국납부세액공제·필요경비 산입 비교, 신고기한 준수까지 한 번에 처리할 수 있는지를 기준으로 선택하시는 것이 적절합니다. 질문 내용만으로는 어느 방식이 반드시 유리하다고 단정하기 어렵고, 거래의 복잡성과 보유·거주 요건, 이중과세 조정 여부에 따라 달라집니다.
결론적으로, 거래 구조가 비교적 단순하고 본인이 증빙과 신고 절차를 직접 관리할 수 있다면 국세청 상담을 바탕으로 본인이 신고하는 방식도 가능하지만, 비과세 판정이나 한·일 간 이중과세 조정, 필요경비 반영처럼 판단이 엇갈릴 수 있는 부분이 있다면 세무사에게 검토·신고를 의뢰하는 편이 안전합니다. 실제 선택은 보유기간, 주택 수, 취득·양도 시점, 일본 납부세액 확정 여부 같은 구체적 조건에 따라 달라지므로, 현재 상황을 기준으로 비과세 가능성과 세액 비교부터 먼저 정리해 보시는 것이 좋습니다.
최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.