합병으로 인한 근저당권 이전등기 시 등록면허세 세율이 달라지는 경우가 있나요?

합병으로 인한 근저당권 이전등기의 등록면허세 세율은 원칙적으로 채권금액의 1천분의 2가 적용됩니다. 다만, 합병이 중소기업 간 통합에 해당하고 관련 감면 요건을 충족하면 등록면허세가 면제될 수 있으며, 그 밖의 경우에는 세율이 달라지지 않습니다.

• 기본 세율: 법인 간 합병으로 피합병법인의 근저당권을 합병법인 명의로 이전등기하는 경우, 이는 단순한 명의변경이 아니라 근저당권의 이전으로 보아 채권금액의 1천분의 2 세율이 적용됩니다.
• 중소기업 간 통합 감면: 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간 통합으로 설립되거나 존속하는 법인이 사업용 재산을 양수하는 경우, 그 양수에 따른 등기에는 등록면허세가 면제될 수 있습니다. 이때 합병 당시 중소기업 간 합병이었는지, 해당 재산이 사업용 재산에 해당하는지 등이 판단 기준이 됩니다.
• 주의할 점: 근저당권은 합병 시 포괄승계 대상이지만, 등록면허세 납세의무는 실제 이전등기를 하는 시점에 성립합니다. 따라서 합병 당시 감면 대상이었더라도 등기를 늦게 하는 경우에는 적용 법령이 달라질 수 있으므로, 등기 시점과 당시 법령을 함께 확인해야 합니다.
• 확인할 사항: 해당 합병이 중소기업 간 통합에 해당하는지, 근저당권 채권금액이 얼마인지, 이전등기 시점이 언제인지에 따라 세율 적용 또는 면제 여부가 달라질 수 있습니다.