약국 조제매출의 면세 처리 기준은 무엇인가요?

약사가 제공하는 의약품 조제용역은 부가가치세 면세 대상 의료보건 용역에 해당합니다. 다만 의약품을 단순 판매하는 경우는 과세 대상이므로, 조제용역과 판매용역을 구분해서 판단해야 합니다.

1. 면세 대상 조제용역의 범위

• 「부가가치세법 시행령」 제35조제4호에 따라 「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역은 면세 의료보건 용역에 포함됩니다.
• 조제란 일정한 처방에 따라 두 가지 이상의 의약품을 배합하거나 한 가지 의약품을 그대로 일정한 분량으로 나누어, 특정인의 특정 질병 치료·예방 등을 목적으로 약제를 만드는 것을 말합니다.

2. 면세 판단에서 중요한 구분

• 약사가 조제용역을 제공하고 그 대가로 받는 소득은 면세 대상입니다.
• 반면 의약품을 단순히 판매하는 행위는 면세 의료보건 용역이 아니라 과세 대상입니다.
• 따라서 약국 매출이라도 조제매출과 의약품 판매매출은 과세 여부가 달라질 수 있습니다.

3. 조제매출 관련 원천징수 실무

• 약사의 조제용역 공급에서 발생하는 사업소득은 원천징수 대상 사업소득에 해당합니다.
• 다만 그 사업소득 중 의약품 가격이 차지하는 비율에 상당하는 금액은 원천징수 대상에서 제외됩니다.
• 원천징수 제외 금액은 요양급여비용, 의료급여비용, 한국보훈복지의료공단법에 따른 약제비용, 산업재해보상보험법에 따른 요양급여비용, 국민건강관리사업에 따라 지급받는 약제비용에 해당 의약품의 구입가격이 약제비 총액에서 차지하는 비율을 곱해 계산합니다.

4. 조제매출 관리 시 확인할 점

• 조제용역과 단순 판매용역을 실제 거래 내용대로 구분해야 합니다.
• 면세되는 조제용역이라도 매입 과정에서 부담한 매입세액은 공제되지 않을 수 있으므로, 면세사업자로서의 매입 처리도 함께 확인해야 합니다.
• 조제 관련 매출대장 작성·보관 의무가 있는지, 계산서나 영수증 발급 방식이 어떻게 되는지 등 신고·증빙 실무도 함께 점검하는 것이 좋습니다.

정리하면, 약국 조제매출은 약사의 의약품 조제용역이라는 점에서 부가가치세 면세 대상 의료보건 용역에 해당할 수 있지만, 의약품 단순 판매는 과세 대상이므로 실제 제공 형태가 조제인지 판매인지에 따라 과세 여부가 달라집니다.