연구원에게 매월 20만원씩 지급하는 연구개발비를 근로소득 비과세로 처리하고 있는데, 연구인력개발비 세액공제를 받지 않는 경우에도 비과세 근로소득으로 처리해도 되나요?

연구원에게 지급하는 연구보조비·연구활동비는 월 20만원 이내라면 근로소득 비과세로 처리할 수 있고, 법인세에서 연구·인력개발비 세액공제를 받지 않더라도 비과세 근로소득 처리 자체는 가능합니다. 다만 비과세로 보려면 지급 대상이 비과세 요건을 충족하는 사람인지, 연구소·전담부서 등 요건 기관이 실제로 갖춰져 있는지가 함께 확인되어야 합니다.

1. 비과세 가능한 연구보조비·연구활동비의 범위

• 학교 교원, 특정연구기관·정부출연연구기관·지방자치단체출연연구원의 연구활동 직접 종사자 및 직접 지원 자, 그리고 일정 요건을 갖춘 중소기업·벤처기업의 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에서 연구활동에 직접 종사하는 사람이 받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내는 실비변상적 급여로 비과세됩니다.
• 여기서 “직접적으로 연구활동을 지원하는 자”는 연구활동 직접 종사자(대학교원급 자격자), 건물 방호·유지·보수·청소 등 일상 관리 종사자, 식사제공·차량 운전 종사자를 제외한 사람을 말합니다.

2. 비과세와 연구·인력개발비 세액공제는 별개 제도

• 연구·인력개발비 세액공제는 자체 연구개발을 위한 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 연구요원 등의 인건비 등을 대상으로 하고, 비과세 연구보조비·연구활동비는 근로소득 중 실비변상적 성질의 급여에 대한 비과세 규정입니다.
• 따라서 법인세 신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 신청하지 않더라도, 해당 지급액이 위 비과세 요건을 충족하면 근로소득 비과세로 처리할 수 있습니다.

3. 실제로 확인해야 할 점

• 지급 대상자가 연구활동에 직접 종사하거나 직접 지원하는 자에 해당하는지
• 인사·행정·회계 등 연구활동에 직접 종사하지 않는 사람에게 지급하면 비과세로 보기 어렵습니다.
• 기업부설연구소나 연구개발전담부서가 관련 규정에 따라 인정·신고된 기관인지
• 협회 설립신고 없이 비과세를 적용하거나, 월 20만원을 초과하는 금액을 비과세로 처리하는 것은 잘못 적용된 사례가 될 수 있습니다.
• 연구소·전담부서 등록 전에 지출한 비용이나, 연구업무를 전담하지 않고 다른 업무를 병행하는 인력에 대한 비용은 비과세나 세액공제 모두에서 문제가 될 수 있습니다.

4. 실무상 유의점

• 비과세로 처리하더라도 지급 금액이 월 20만원 이내인지, 대상자가 비과세 대상자에 해당하는지를 먼저 확인해야 합니다.
• 연구·인력개발비 세액공제를 받지 않는다고 해서 비과세 요건까지 자동으로 완화되는 것은 아니므로, 비과세 요건 자체는 별도로 충족해야 합니다.

결론적으로, 연구원에게 매월 20만원을 지급하면서 근로소득 비과세를 적용하는 것 자체는 연구·인력개발비 세액공제를 받지 않더라도 가능하지만, 지급 대상자가 비과세 대상 연구활동 종사자에 해당하고 관련 연구소·전담부서 요건도 갖춰져 있어야 합니다. 대상자 업무 내용이나 기관 인정 여부가 불분명하면 비과세 적용이 잘못될 수 있으니 그 부분을 먼저 확인해 보시는 것이 좋습니다.