결론부터 말씀드리면, 법인사업자이고 과세사업만 영위하는 겸영사업자가 아니라면 전력비·조정료·통신비처럼 과세사업에 실제 사용되는 매입세액을 공통매입세액 안분계산으로 불공제 처리하는 것은 원칙적으로 맞지 않습니다.
공통매입세액 안분계산은 과세사업과 면세사업등을 함께 운영하는 사업자가, 과세·면세 어느 쪽에 실제 귀속되는지 구분할 수 없는 매입세액을 공급가액 비율 등으로 나누어 계산하는 제도입니다. 따라서 안분계산을 하려면 ① 과세사업과 면세사업등을 겸영할 것, ② 공통으로 사용되거나 사용될 것, ③ 실지귀속이 불분명할 것, ④ 본래 공제 가능한 매입세액일 것이라는 요건이 필요합니다.
질문하신 전력비·조정료·통신비는 일반적으로 과세사업에만 사용되는 비용이라면 실지귀속이 과세사업으로 구분되므로, 안분계산 대상이 아니라 매입세액 공제 대상으로 보는 것이 맞습니다. 반대로 그중 일부가 면세사업이나 비과세사업에만 관련된다면 그 부분은 안분계산이 아니라 해당 면세사업 관련 매입세액으로서 불공제하는 구조입니다. 즉, 겸영사업자가 아닌데도 일률적으로 공통매입세액 안분계산을 적용해 불공제하는 방식은 적절하지 않습니다.
다만 실제로는 같은 비용이라도 사용 목적이나 사업 구조에 따라 판단이 달라질 수 있습니다. 예를 들어 일부 비용이 과세사업과 직접 관련 없는 지출이거나, 기업업무추진비 등 본래 불공제 대상에 해당하면 안분계산과 무관하게 공제되지 않습니다. 또 통신비나 전력비가 과세·면세 양쪽에 함께 쓰이는지, 실지귀속을 구분할 수 있는지 여부에 따라 처리 방식이 달라질 수 있습니다.
정리하면, 과세사업만 하는 법인이라면 전력비·조정료·통신비를 공통매입세액 안분계산으로 불공제하는 것은 원칙적으로 타당하지 않고, 과세사업에 실지귀속된다면 공제 대상으로 보아야 합니다. 다만 실제 사업 내용과 비용의 사용 실태를 확인해 실지귀속을 구분할 필요가 있습니다.
최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.