재하도급 계약 시 매입세액 공제는 어떻게 받나요?

재하도급 계약이라고 해서 매입세액 공제 방식이 달라지는 것은 아니며, 자기의 과세사업을 위하여 사용·소비할 목적으로 재화 또는 용역을 공급받으면서 부담한 부가가치세라면 원칙적으로 매출세액에서 공제할 수 있습니다. 다만 공제를 받으려면 세금계산서 등 적격 증빙을 갖추고, 공제되지 않는 매입세액에 해당하지 않아야 합니다.

공제 대상 매입세액의 기본 요건

• 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역에 대한 부가가치세액이어야 합니다.
• 재화·용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것이 원칙입니다.
• 수입재화에 대한 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제합니다.

재하도급에서 특히 확인할 증빙과 절차

• 원칙적으로 세금계산서를 공급받는 자 명의로 발급받아야 매입세액 공제가 가능합니다.
• 공급자가 세금계산서 발급을 거부하거나 부도·폐업·연락두절 등의 사유가 있는 경우에는 매입자발행세금계산서 제도를 활용할 수 있습니다.
  • 신청인은 해당 재화·용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 이내에 거래사실확인신청서와 거래사실을 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 관할 세무서장에게 확인을 신청해야 합니다.
  • 거래건당 공급대가(부가가치세 포함)가 5만 원 이상이어야 합니다.
• 신용카드매출전표등을 받은 경우에도 일정 요건을 충족하면 매입세액 공제가 가능합니다.
  • 부가가치세액이 별도로 구분되고, 수령명세서 제출·보관 등 요건을 갖추어야 합니다.
  • 다만 목욕·이발·미용업, 여객운송업(전세버스 제외), 입장권 발행사업자, 과세되는 의료·미용목적 성형수술, 과세되는 동물진료용역, 무도학원 및 자동차 운전학원 등 대통령령으로 정하는 사업자로부터 받은 경우는 공제가 되지 않습니다.
  • 간이과세자 중 직전 연도 공급대가 합계액이 4,800만 원 미만이거나 신규로 사업을 시작한 자로부터 받은 경우도 공제 대상에서 제외됩니다.

공제되지 않는 매입세액인지 함께 점검

• 세금계산서를 발급받지 않았거나 필요적 기재사항(공급자 등록번호·성명, 공급받는 자 등록번호, 공급가액과 세액, 작성 연월일)이 누락·사실과 다르게 적힌 경우는 공제되지 않습니다.
• 사업과 직접 관련 없는 지출, 개별소비세법상 자동차(운수업 등 직접 영업용 제외)의 구입·임차·유지비, 기업업무추진비 및 유사 비용, 면세사업등 관련 매입세액, 토지 관련 매입세액, 사업자등록 신청 전 매입세액 등은 공제되지 않습니다.
• 공급시기 이후 해당 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받은 경우에는 공제가 가능하며, 확정신고기한이 지난 뒤 발급받았더라도 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 수정신고·경정청구 또는 과세관청의 결정·경정이 있는 경우 공제될 수 있습니다.

재하도급 실무에서 자주 생기는 체크 포인트

• 실제 거래한 사업장과 세금계산서상 공급받는 자 사업장이 다른 경우, 계약·발주·대금결제 사업장과 인도받은 사업장이 다른 경우 등 사업장 관련 이슈가 있으면 어느 사업장에서 공제받을 수 있는지 확인이 필요합니다.
• 위탁·대리 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 실제 공급자가 아닌 자 명의로 세금계산서를 발급·수취할 수 있는 예외가 있으므로, 재하도급의 거래 구조가 이에 해당하는지도 살펴보아야 합니다.
• 하도급·재하도급이라 하더라도 실제 거래사실이 확인되고, 대가를 지급하며, 적격 증빙을 갖춘 경우에 공제가 가능하다는 점이 핵심입니다.

정리

재하도급 계약에서 매입세액을 공제받으려면, 과세사업을 위한 지출인지 → 세금계산서 등 적격 증빙을 갖췄는지 → 공제 배제 사유에 해당하지 않는지를 순서대로 확인하면 됩니다. 공급자가 세금계산서를 주지 않는 경우에는 매입자발행세금계산서 제도(공급시기 소속 과세기간 종료일부터 1년 이내, 건당 5만 원 이상)를 검토할 수 있습니다. 거래 구조나 증빙 상태에 따라 판단이 달라질 수 있으므로, 실제 계약서와 대금 지급 증빙, 세금계산서 발급 여부를 함께 확인해 보시는 것이 좋습니다.