종교용 부동산을 수익사업에 일부 사용하면 그 수익사업에 사용되는 부분은 재산세 감면 대상에서 제외됩니다. 지방세특례제한법에 따르면 종교단체 또는 향교가 종교행위나 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 면제하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산, 그리고 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 않는 경우의 그 일부 재산은 면제하지 않습니다.
주요 적용 기준은 다음과 같습니다.
직접 사용 요건: 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이어야 재산세 면제 대상입니다. 여기서 직접 사용에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우도 포함됩니다.
수익사업 사용 시 제외: 수익사업에 사용하는 부분은 면제 대상에서 제외됩니다. 수익사업이란 법인세법상 수익사업을 말하며, 소유부동산의 임대 및 관리사업 등이 이에 해당할 수 있습니다. 다만, 지정문화재를 소유 또는 관리하는 종교단체의 경내지 및 경내지 내 건물과 공작물의 임대용역은 예외적으로 면세될 수 있습니다.
일부 사용 시 부분 제외: 부동산 전체가 아닌 일부만 목적에 직접 사용되지 않는 경우, 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 않습니다. 건축물이 면제대상 사업과 수익사업에 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따라 판단합니다.
감면 특례 제한: 지방세 감면 특례의 제한에 따라, 취득세 또는 재산세가 100% 면제되는 경우에도 일정 요건(취득세 200만원 이하, 재산세 50만원 이하 등)에 해당하지 않으면 85%의 감면율이 적용될 수 있습니다. 다만, 제50조에 따른 감면은 이 제한의 예외에 해당합니다.
추징 가능성: 종교단체가 취득한 부동산에 대해 취득세를 면제받았더라도, 취득일부터 5년 이내에 수익사업에 사용하거나 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않는 경우, 또는 직접 사용 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세가 추징될 수 있습니다.
따라서 종교용 부동산을 수익사업에 일부 사용하는 경우, 그 사용 부분에 대해서는 재산세 감면이 적용되지 않으므로 해당 부분의 재산세 납부 의무가 발생할 수 있습니다. 구체적인 적용 여부는 부동산의 실제 사용 현황, 수익사업의 범위, 주된 용도 판단 등에 따라 달라질 수 있어 관할 지방자치단체의 확인이 필요합니다.