지방자치단체가 부가가치세 신고기한까지 과세표준 신고를 하지 못한 경우, 관할 세무서장이 무신고에 대한 결정·통지를 하기 전까지는 기한 후 신고를 할 수 있습니다. 다만 기한 후 신고를 하더라도 무신고가산세는 원칙적으로 부과되며, 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 신고하면 무신고가산세의 50%, 1개월 초과 3개월 이내 30%, 3개월 초과 6개월 이내 20%가 감면됩니다.
지방자치단체라고 해서 부가가치세 납세의무 자체가 면제되는 것은 아닙니다. 부가가치세법 제3조에 따라 사업자로서 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 납세의무자가 되며, 국가·지방자치단체도 그 사업에 따라 납세의무자가 될 수 있습니다. 다만 부가가치세가 면제되는 재화·용역을 공급하는 경우에는 납세의무가 없을 수 있고, 이 경우 세금계산서 발급·합계표 제출 등 일부 의무도 달라집니다.
가산세 감면은 ‘과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고’ 신고한 경우에는 적용되지 않습니다. 또한 지방자치단체가 부가가치세법 제8조에 따라 사업자등록증을 신청·교부받은 법인사업자라면 전자세금계산서 발급의무가 있고, 이를 이행하지 않으면 전자세금계산서 미발급가산세가 적용될 수 있습니다. 매입처별 세금계산서합계표 제출의무와 관련해서도, 국가·지방자치단체·비영리법인(수익사업 관련 부분 제외)은 합계표를 제출하지 않아도 가산세를 부과하지 않는 예외가 있습니다.
따라서 핵심은 ① 해당 사업이 부가가치세 과세대상인지, ② 사업자등록 및 세금계산서 발급의무를 실제로 부담하는지, ③ 기한 후 신고 시점이 언제인지입니다. 이 조건에 따라 무신고가산세 부과 여부와 감면 폭이 달라집니다.
최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.