공급시기가 지난 뒤 해당 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하면, 발급자에게는 공급가액의 1% 지연발급 가산세가 부과됩니다. 같은 경우 공급받는 자에게는 공급가액의 0.5% 지연수취 가산세가 부과될 수 있습니다.
발급지연·미발급 가산세가 적용되는 부분은 전송 관련 가산세를 중복해서 부과하지 않는 배제 규정이 있습니다. 또한 가산세 부과한도는 의무위반 종류별로 각각 5천만원(중소기업이 아닌 기업은 1억원)이며, 고의적 의무위반은 한도가 없습니다.
확정신고기한이 지난 뒤 발급하면 원칙적으로 발급자에게 2% 미발급 가산세가 적용되고, 수취자는 매입세액 공제를 받지 못할 수 있습니다. 다만 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 발급받고 수정신고·경정청구 또는 과세관청의 결정·경정으로 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다.
적용 기준은 공급시기, 발급시기, 확정신고기한 내 발급 여부, 전자세금계산서 의무발급 대상 여부에 따라 달라지므로, 실제 거래일과 발급일을 기준으로 판단해야 합니다.