비영리내국법인이 건물을 양도할 때 자산양도소득 신고 특례와 각 사업연도 소득 신고 중 어떤 방식을 선택해야 하나요?

비영리내국법인이 건물을 양도할 때는 수익사업 유무에 따라 신고 방식이 달라집니다. 수익사업을 하지 않는 비영리내국법인이라면 자산양도소득 신고 특례를 선택해 양도소득세율을 준용한 법인세로 예정신고·납부할 수 있고, 수익사업이 있는 경우에는 해당 양도소득을 각 사업연도 소득에 포함해 법인세 신고를 하는 것이 원칙입니다.

1. 수익사업이 없는 비영리내국법인의 선택 가능성

• 수익사업(제조업·건설업·도매 및 소매업 등 대통령령으로 정하는 사업, 이자·배당소득, 주식·출자지분 양도수입, 유형자산·무형자산 처분수입, 소득세법 제94조제1항제2호·제4호 자산 양도수입, 그 밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인한 수입 등)을 하지 않는 비영리내국법인은, 주식등·토지·건물·소득세법 제94조제1항제2호 및 제4호 자산의 양도로 인한 소득이 있으면 자산양도소득에 대한 신고 특례를 적용할 수 있습니다.
• 이 특례를 선택하면 법인세법 제60조제1항에 따른 과세표준 신고를 하지 않을 수 있고, 그 자산양도소득은 각 사업연도 소득금액 계산에서 제외합니다.
• 대신 소득세법을 준용해 계산한 양도소득세 상당액을 법인세로 신고·납부하며, 양도소득과세표준 예정신고서를 제출하는 방식으로 진행합니다.
• 다만 2025년 1월 1일 전에 주식등을 양도하는 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전 규정을 따릅니다.

2. 수익사업이 있는 비영리내국법인의 원칙

• 수익사업에서 생긴 소득이 있는 비영리내국법인은 그 소득에 대해 각 사업연도 소득으로 법인세를 신고·납부합니다.
• 이 경우 건물 양도소득은 각 사업연도 소득에 포함해 법인세 신고를 하는 것이 원칙이며, 자산양도소득 신고 특례를 적용하는 방식이 아닙니다.

3. 공통으로 확인해야 할 추가 과세

• 비영리내국법인이라도 비사업용 토지나 일정 요건의 주택·부수토지·별장, 2021.1.1. 이후 양도분부터 주택을 취득하기 위한 권리(조합원입주권·분양권)를 양도하면 각 사업연도 소득에 대한 법인세 외에 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 납부해야 합니다.
• 건물은 토지등 양도소득 과세대상이 될 수 있으므로, 건물 자체뿐 아니라 부속토지와 용도·보유기간·사용현황을 함께 확인해야 합니다.
• 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산은 과세에서 제외될 수 있습니다.

4. 신고 방식 선택 시 실무 포인트

• 수익사업이 없는 비영리내국법인은 자산양도소득 신고 특례와 각 사업연도 소득 신고 중 하나를 선택할 수 있는 구조이며, 특례를 적용하더라도 필요하면 법인세법 제60조제1항에 따른 과세표준 신고를 할 수 있습니다.
• 이 경우 예정신고로 납부한 세액은 법인세 납부할 세액에서 공제됩니다.
• 특례는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용합니다.

따라서 건물 양도 시 어떤 방식을 적용할지는 해당 비영리내국법인이 수익사업을 하는지, 그리고 건물이 토지등 양도소득 추가 과세 대상인지를 먼저 구분해 판단해야 합니다. 최신 개정 사항은 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.