결제대행자료를 제출하면 부가가치세 신고 시 신용카드 매출에서 해당 금액만큼 제외하고 신고해야 하나요?

결제대행자료를 제출한다고 해서 부가가치세 신고 시 신용카드매출에서 그 금액만큼 제외하고 신고하는 것은 아닙니다. 결제대행자료는 판매·결제 대행·중개 내역을 국세청이 확인하기 위한 자료이고, 실제 매출 신고 금액은 사업자가 실제로 재화·용역을 공급하고 받은 대가(공급대가)를 기준으로 해야 합니다.

1. 결제대행자료와 매출 신고의 관계

• 국세청 홈택스에는 신용카드·판매(결제)대행 매출자료가 조회되며, 사업자는 장부상 신용카드매출전표 발행내역과 홈택스 자료가 일치하는지 확인해야 합니다.
• 배달앱·온라인쇼핑몰 등 판매(결제) 대행 매출이 있으면 국세청 자료와 대행업체 매출자료를 비교해 신고 내용을 점검해야 합니다.
• 결제대행자료를 제출했다는 이유만으로 신용카드매출을 그 금액만큼 빼고 신고하는 방식은 아닙니다.

2. 대행·중개 구조에서 실제 공급자가 누구인지 확인

• 온라인 중개플랫폼을 운영하는 사업자(수탁자)가 실제 판매자(위탁자)의 재화를 판매 대행하면서 수탁자 명의로 신용카드매출전표를 발급한 경우, 구매자는 그 신용카드매출전표로는 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
• 즉, 결제대행·중개가 개입된 거래는 단순히 결제대행자료 금액만 보는 것이 아니라, 실제 공급자와 발급 명의가 일치하는지를 함께 봐야 합니다.

3. 신고 시 실무적으로 확인할 점

• 신용카드매출전표등 발행금액 집계표는 공급대가(부가가치세 포함)로 기재합니다.
• 충전식 IC카드 매출, 카카오페이·네이버페이 등 간편결제 계좌이체 방식 결제분, 제로페이 결제분은 집계표상 해당 란에 구분해 기재합니다.
• 카드결제 매출은 신용·직불·기명식 카드란에 입력합니다.
• 동일한 매출 건에 대해 전자세금계산서와 신용카드매출전표등을 중복 발급하지 않았는지도 확인해야 합니다.

4. 대행자료 제출 의무 자체

• 국내사업자의 재화·용역 공급과 관련해 판매·결제를 대행·중개하는 앱마켓사업자 및 국외플랫폼은 매 분기말일의 다음 달 15일까지 판매결제대행자료를 제출해야 합니다(2025.7.1. 이후 대행·중개 분부터 적용).

정리하면, 결제대행자료 제출은 신고에서 해당 금액을 제외하는 근거가 아니라, 실제 매출과 대행자료·홈택스 조회 내역을 맞춰 보는 점검 자료에 가깝습니다. 실제 공급 구조, 발급 명의, 중복 발급 여부, 집계표 기재 방식까지 함께 확인해야 하며, 대행 구조가 복잡하거나 실제 공급자와 결제 명의가 다른 경우에는 신고·공제 처리가 달라질 수 있습니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.