선급금을 받더라도 용역을 실제로 공급한 시기에 세금계산서를 늦게 발행해도 되나요?

선급금을 받았더라도 세금계산서를 실제 용역 공급시기보다 늦게 발행하는 것은 원칙적으로 허용되지 않으며, 발급 시기에 따라 공급자와 매입자 모두 가산세를 부담하거나 매입세액 공제를 받지 못할 수 있습니다. 다만, 공급시기 전에 세금계산서를 발급하는 것은 일정 요건 아래 허용되고, 공급시기 이후라도 해당 공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한까지는 지연 발급이 가능합니다.

• 원칙: 세금계산서는 재화·용역의 공급시기에 발급하는 것이 원칙입니다. 용역의 공급시기는 일반적으로 역무의 제공이 완료되는 때입니다.
• 선급금 수령과 공급시기: 공급시기가 되기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 그 받은 대가에 대해 세금계산서를 발급하면 그 발급하는 때를 공급시기로 볼 수 있습니다. 즉, 선급금을 받았다는 이유만으로 실제 용역 공급시기까지 세금계산서 발급을 미뤄도 되는 것은 아닙니다.
• 지연 발급 시 제재: 공급시기가 지난 후 해당 공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하면 공급자는 공급가액의 1%, 공급받는 자는 공급가액의 0.5% 가산세를 부담할 수 있습니다. 확정신고기한이 지난 후 발급하면 공급자는 공급가액의 2% 가산세를 부담하고, 매입자는 원칙적으로 매입세액 공제를 받지 못합니다.
• 확정신고기한 경과 후 예외: 공급시기가 속한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 발급받고, 과세표준수정신고서·경정청구서를 함께 제출하거나 거래사실이 확인되어 과세관청이 결정·경정하는 경우에는 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다.
• 필요적 기재사항: 등록번호, 공급받는 자 정보, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일 등 필요적 기재사항이 빠지거나 사실과 다르면 공급자는 1%, 공급받는 자는 0.5% 가산세가 부과될 수 있습니다. 다만 착오·과실로 일부 기재사항이 사실과 달라도 나머지 기재사항으로 거래사실이 확인되면 사실과 다른 세금계산서로 보지 않을 수 있습니다.

따라서 선급금을 받았더라도 실제 용역 공급시기 또는 공급시기 전 선발급 특례 요건에 맞춰 세금계산서를 제때 발급하는 것이 안전하며, 이미 공급시기가 지난 뒤라면 확정신고기한과 예외 요건을 먼저 확인해야 합니다. 구체적인 공급시기와 발급 가능 시점은 계약 형태(중간지급조건부, 완성도기준지급조건부, 장기할부 등)와 실제 거래사실에 따라 달라질 수 있으므로 해당 거래의 계약서와 지급·완료 시점을 기준으로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.