수정된 보수액은 근로자 본인과 공공기관(원천징수의무자·사업주)이 확인하는 경로가 서로 다릅니다. 근로자는 주로 국세청 홈택스와 회사에서 발급받은 원천징수영수증으로 확인하고, 공공기관은 원천징수이행상황신고서·지급명세서를 수정 제출해 관할 세무서에 반영하는 방식으로 처리합니다.
근로자 확인 경로
근로소득 원천징수영수증: 회사가 연말정산을 종료한 뒤 다음 연도 2월분 급여 지급 시까지 발급하며, 첫 페이지 하단의 ‘Ⅲ 세액명세’에서 결정세액과 차감징수세액 등을 확인할 수 있습니다.
국세청 홈택스 조회: ‘나의 홈택스 → 나의 소득·연말정산 → 지급명세서(원천징수 내역) 등 조회’ 경로에서 과거 연도의 연말정산 신고 사항을 확인할 수 있습니다. 제출 다음날부터 조회 가능하며, 조회 가능한 연도는 제출·귀속 시점에 따라 달라집니다.
경정청구 활용: 소득·세액공제를 누락한 경우 근로소득세 납부기한 경과 후 5년 이내에 경정청구를 통해 수정된 내용을 반영받을 수 있고, 홈택스에서 대상 연도를 선택하면 기존 지급명세서 내용이 미리 채워진 상태로 수정·제출할 수 있습니다.
공공기관·사업주 확인 및 수정 경로
원천징수이행상황신고서 수정 제출: 이미 제출한 신고서의 소득·세액이 사실과 다르면 수정신고서를 제출하고, 추가 납부할 세액이 있으면 함께 납부합니다. 수정신고로 인한 세액 증감은 정기분 원천징수이행상황신고서의 A90란에 반영합니다.
지급명세서 수정: 이미 제출한 지급명세서에 수정사항이 생기면 지급명세서를 수정해 원천징수 관할 세무서에 제출합니다. 실무적으로는 근로소득 경정청구·수정신고·인정상여처분 등에 따라 지급명세서 수정이 발생하는 경우가 많습니다.
귀속연월 구분 주의: 귀속연월이 다른 소득을 같은 달에 함께 지급해 원천징수한 경우에는 귀속연월별로 별지로 작성해 제출해야 합니다.
놓치기 쉬운 점
수정신고만 하고 지급명세서 제출을 누락하면 안 되며, 중도퇴사자·계약직·퇴직소득·사업소득·기타소득 등도 지급명세서 제출 대상에 포함됩니다.
원천세 신고서만 제출하고 세액만 납부하거나, 귀속연월·지급연월을 잘못 구분해 신고하는 오류도 자주 발생하므로 신고서와 지급명세서가 함께 맞는지 확인해야 합니다.
근로자가 직접 수정신고하는 경우에도 과소신고 가산세 및 납부불성실 가산세가 적용될 수 있습니다.