정산금액으로 계산하는 경우에도 예외가 있습니다. 부가가치세법 시행령 제81조제1항 단서에 따르면, 예정신고할 때에는 예정신고기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율로 안분계산하고 확정신고할 때 정산하는 방식이 원칙이지만, 인원 수 등에 따르는 등 재정경제부령으로 정하는 경우에는 그 계산식을 적용하지 않을 수 있습니다. 또한 공통매입세액 안분계산과 관련해 도축업은 도축 두수로 안분계산하는 등 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 공급가액 비율 외의 기준으로 계산하는 예외도 있습니다.
지방세법 연결세액 정산과 관련해서는, 지방세법 시행령 제100조의25제7항에서 「법인세법 시행령」 제120조의22제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 정산금을 "0"으로 할 수 있다는 예외를 두고 있습니다. 이는 연결자법인의 결손금 이전 관련 정산금을 반드시 계산해야 하는 것이 아니라, 특정 요건에서는 정산금을 0으로 처리할 수 있다는 의미입니다.
따라서 정산금액 계산이라고 해서 항상 동일한 방식이 적용되는 것은 아니고, ① 인원 수 등 시행규칙이 정하는 예외, ② 업종별 특례(도축 두수 등), ③ 연결세액 정산에서 정산금을 0으로 할 수 있는 요건 같은 예외가 있습니다. 다만 구체적인 적용 여부는 해당 사업의 형태, 공통사용 재화의 성격, 연결집단 요건 등에 따라 달라지므로, 실제 사안에 맞는 기준인지 별도로 확인하실 필요가 있습니다.