국내지사가 있는 비거주자가 해외본사에서 당사에 입금하는 구조만으로는 영세율 적용 대상이라고 단정하기 어렵습니다. 영세율은 국외에서 공급하는 용역(부가가치세법 제22조)이거나, 국내사업장이 없는 비거주자·외국법인에게 특정 재화·용역을 공급하고 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 시행규칙 제22조가 정하는 방법으로 받는 경우(부가가치세법 시행령 제33조제2항제1호·제2호)처럼 요건을 갖춘 거래에 적용됩니다.
질문하신 상황은 크게 두 가지를 구분해서 봐야 합니다.
입금의 성격
공급 장소와 공급받는 자
대금 수령 방법
정리하면, 국내지사가 있는 비거주자라는 점만으로도 “국내사업장이 없는 비거주자·외국법인”을 전제로 한 영세율 규정과는 맞지 않을 수 있고, 해외본사 입금이 실제 어떤 재화·용역 공급의 대가인지, 그 공급이 국내인지 국외인지, 공급받는 자가 누구인지, 상호주의 요건을 충족하는지 등을 함께 확인해야 영세율 적용 여부를 판단할 수 있습니다. 단순히 해외본사에서 자금이 입금되었다는 사실만으로는 영세율 대상이라고 보기 어렵습니다.
실무적으로는 다음 자료를 먼저 확인해 보시는 것이 좋습니다.
최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.