종교단체가 소유한 토지를 종교재단 명의로 등기한 경우 재산세 납세의무자는 누구인가요?

종교단체가 소유한 토지를 종교재단 명의로 등기한 경우, 조세포탈 목적이 없고 일정 요건을 갖추면 실제 소유자인 개별 종교단체가 재산세 납세의무자가 될 수 있습니다. 다만 요건을 갖추지 못하면 등기명의자인 종교재단이 납세의무자로 볼 수 있습니다.

• 원칙(사실상 소유자): 재산세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 재산을 사실상 소유하는 자가 납세의무자입니다. 등기명의와 관계없이 실질적 소유권을 기준으로 판단합니다.
• 종교재단 명의 등기의 특례: 개별 향교 또는 개별 종교단체가 소유한 토지 중, 그 단체가 속하는 향교재단 또는 대통령령으로 정하는 종교단체 명의로 조세포탈을 목적으로 하지 않고 등기한 토지는 개별단체별로 합산한 가액을 과세표준으로 하여 재산세를 과세할 수 있습니다. 이 경우 실제 소유자인 개별단체가 납세의무자가 됩니다.
• 적용 대상: 여기서 말하는 개별 향교·개별 종교단체는 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 시행령」상 개별 향교 또는 소속종교단체를 의미하고, 종교단체는 같은 시행령상 종단을 말합니다.
• 신청 절차: 개별단체 또는 향교재단등이 개별단체별로 합산해 납부하려면, 토지분 재산세 합산배제 신청서를 관할 지방자치단체장에게 제출해야 하며, 제출 기한은 납기개시 20일 전까지입니다. 이때 정관, 이사회 회의록, 개별단체 소유임을 입증하는 서류 등을 첨부해야 합니다.
• 주의할 점: 종교행위·제사 목적으로 직접 사용하는 부동산(수익사업·유료 사용 제외)은 재산세가 면제될 수 있어, 이 경우 종합부동산세도 부과되지 않을 수 있습니다. 또한 개별단체가 종합부동산세를 신고하면 향교재단등은 대상 토지·주택의 공시가격을 한도로 연대납부의무를 질 수 있습니다.
• 실질 판단: 등기만 재단 명의로 되어 있어도 자금 출처, 처분권한, 사용·수익 관계, 교리·장정상 재산 편입 목적 등을 종합해 명의신탁 여부나 실질 소유자를 판단하게 됩니다. 따라서 단순히 등기명의만으로 재단 또는 개별단체 중 한쪽이 항상 납세의무자라고 단정하기는 어렵습니다.

실무적으로는 ① 등기 경위, ② 조세포탈 목적 유무, ③ 개별단체의 실질 소유 여부, ④ 합산배제 신청 여부 및 기한 준수 여부를 함께 확인해야 합니다. 개별 사정이 다르면 관할 지방자치단체나 세무 전문가의 확인이 필요합니다.