부가가치세 환급은 일반환급과 조기환급으로 나뉘며, 환급 후 사후관리는 환급받은 세액이 정당했는지, 이후 용도 외 사용이나 부정 환급이 있었는지를 중심으로 이뤄집니다. 일반환급은 확정신고기한 경과 후 30일 이내, 조기환급은 신고기한 경과 후 15일 이내에 지급하는 것이 원칙이고, 환급세액은 신고서와 첨부된 세금계산서합계표·신용카드매출전표등 수령명세서 등 증명서류로 확인되는 금액으로 한정됩니다.
환급 이후 사후관리에서 특히 중요한 것은 용도 외 사용·양도, 부정 세금계산서, 자격 상실입니다. 예를 들어 조세특례제한법상 운송사업 간이과세자가 택시용 자동차를 구입해 부가가치세를 환급받은 뒤, 그 자동차를 본래 용도에 쓰지 않거나 다른 사람에게 양도하면 환급세액과 이자상당액을 부가가치세로 추징합니다. 다만 차령 초과 차량 양도, 사업 양도·폐업, 자동차 말소등록, 사망 후 상속인의 사업 승계, 구입 후 5년 경과 후 양도하고 6개월 내 다른 운송사업용 자동차를 구입한 경우 등은 추징 대상에서 제외됩니다.
부정 환급에 대한 제재도 있습니다. 환급대행자가 거짓·부정한 환급 신청을 알리지 않거나, 세금계산서가 이중으로 발급되거나 필요 기재사항이 누락·사실과 다르게 적힌 경우 등에는 환급세액과 이자상당액이 추징될 수 있고, 일정 사유에서는 환급대행자에게 가산세도 부과됩니다. 또한 운송사업 간이과세자가 부가가치세를 추징당한 경우에는 추징세액 고지일부터 5년간 같은 규정에 따른 환급을 받을 수 없습니다.
사후관리에서는 환급 절차·제출 서류도 중요합니다. 운송사업용 자동차 환급의 경우 직접환급은 자동차 공급일이 속하는 달의 다음 달 15일까지, 환급대행 방식은 다음 달 말일까지 신청하며, 관할 세무서장은 신청기한 경과 후 15일 이내에 환급하도록 규정되어 있습니다. 환급대행자는 환급받은 날부터 5일 이내에 신청자에게 환급세액을 지급해야 합니다.
일반 부가가치세 환급과 달리, 특정 특례 환급은 환급받은 뒤 일정 기간 재환급 제한, 용도 유지 의무, 이자상당액 추징 같은 사후관리 규정이 함께 적용되므로, 본인이 받은 환급이 일반환급인지 특례환급인지 먼저 구분하는 것이 필요합니다.