선원 소득세 비과세 제도는 국외에서 근로를 제공하는 선원 등의 근로소득 중 일정 금액을 과세하지 않는 것으로, 외화 획득 지원과 해외 인력 유인, 그리고 국외 근무로 인한 생활상 부담을 덜어주는 데 취지가 있습니다. 현행 규정상 원양어업 선박이나 국외등을 항행하는 선박·항공기에서 근로를 제공하는 경우에는 월 500만원 이내의 보수를 비과세하고, 그 밖의 일반 국외 근로자는 월 100만원 이내를 비과세합니다.
이 제도는 국외 또는 북한지역에서 근로를 제공하고 받는 보수 중 대통령령으로 정하는 금액을 비과세소득으로 보는 소득세법 제12조제3호거목과 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제16조제1항제1호에 근거합니다. 특히 원양어업 선박, 국외등을 항행하는 선박 또는 국외등의 건설현장 등에서 근로(설계 및 감리 업무 포함)를 제공하는 경우에는 월 500만원까지 비과세 한도가 적용되며, 이 한도는 2024년 2월 29일이 속하는 과세기간부터 확대되었습니다.
선원 관련 비과세는 단순히 급여 전액을 면제하는 것이 아니라, 국외등을 항행하는 기간의 근로에 대하여 받는 급여에 한정됩니다. 또한 원양어업 선박의 승무원은 해당 선박에 승선하여 원양어업에 종사함으로써 받는 급여여야 하고, 외국을 항행하는 선박·항공기의 승무원은 그 항행 기간의 근로에 대한 급여여야 합니다. 이때 항행 기간에는 화물 적재·하역 등 사유로 국내에 일시적으로 체재하는 기간도 포함됩니다.
선원 중에서도 승선 중인 선원에게 공급하는 식료는 비과세되지만 휴가기간 중 지급받는 급식비는 이에 포함되지 않으며, 외항선원이 유급휴가기간 동안 받는 급여도 국외 근로 보수로서 월 500만원까지는 비과세됩니다. 다만 비과세 적용 대상인지, 승무원의 범위나 근로 제공 장소가 요건에 맞는지는 개별 근무 형태와 계약 내용에 따라 달라질 수 있으므로 실제 적용 여부는 근무 실태와 지급 내역을 함께 확인해야 합니다.