장기주택저당차입금 이자상환액 소득공제에서 주택 수 계산 기준일은 과세기간 종료일인 12월 31일입니다. 6월 1일은 재산세·종합부동산세 등 보유세 과세기준일이고, 소득공제의 주택 수 판단과는 다른 날짜입니다.
따라서 질문하신 소득공제의 주택 수 기준은 12월 31일이 맞고, 6월 1일은 보유세 쪽 기준입니다. 다만 실제 적용 여부는 세대 구성, 공동소유·상속주택·다가구주택 여부, 차입 시점과 기준시가 요건 등에 따라 달라질 수 있으므로, 본인 상황을 기준으로 세부 요건을 함께 확인하시는 것이 좋습니다.