부가세 공제를 받지 않을 매입세금계산서는 입력할 때 ‘매입세금계산서-불공제’ 또는 ‘불공제 매입’ 유형을 선택하시면 됩니다. 프로그램마다 메뉴 이름은 조금 다를 수 있지만, 공제 여부를 선택하는 항목에서 ‘불공제’로 처리하는 뜻입니다.
다만 세금계산서 자체를 다른 유형의 증빙으로 바꾸는 것은 아닙니다. 실제로 세금계산서를 받은 거래라면 증빙 종류는 매입세금계산서로 두고, 매입세액 공제만 하지 않도록 표시합니다. 불공제 사유에 따라 부가세를 제외한 금액을 비용·자산으로 처리할지, 부가세까지 포함한 금액을 처리할지는 거래 내용과 회계 처리에 맞춰 확인해야 합니다.
간이과세자의 매입이라면 공제 가능한 세금계산서 등의 공급대가에 0.5%를 적용하는 방식이지만, 법에서 공제하지 않는 매입세액은 이 공제 방식으로도 공제받을 수 없습니다. 부가가치세법 제39조는 공제할 수 없는 매입세액을 정하고, 제63조제3항은 간이과세자의 매입 관련 공제 방식을 규정합니다.