간이과세자의 경우: 세법 개정으로 인해 2021년 7월 1일 이후 공급분부터 간이과세자의 의제매입세액공제는 적용되지 않습니다. 과거에는 음식점업, 제조업에 한해 간이과세자도 공제를 받을 수 있었으나, 현재는 일반과세사업자만 적용 대상입니다.
미등기 양도자산: 양도소득 기본공제의 경우, 미등기 양도자산에 해당하는 경우에는 공제되지 않습니다. 이는 의제매입세액공제와는 다른 세목이지만, 공제가 적용되지 않는 사례로 참고할 수 있습니다.
공제 조건 미충족: 의제매입세액공제는 특정 조건을 충족해야만 적용됩니다. 예를 들어, 면세 농산물을 제조·가공하여 부가가치세가 과세되는 상품을 공급해야 하며, 면세 농·축·수·임산물 외의 면세 재화에는 공제가 적용되지 않습니다. 또한, 매입 사실을 증명할 수 있는 계산서, 신용카드 매출전표, 현금영수증 등의 적격 증빙을 갖추지 못한 경우에도 공제를 받을 수 없습니다.