재개발 조합원입주권을 살 때 지급한 프리미엄을 신고·증빙하지 않았다고 해서 취득 시점에 곧바로 양도소득세 가산세가 확정되는 것은 아니지만, 나중에 입주권이나 신축주택을 팔 때 취득가액으로 인정받지 못하면 양도소득세가 커질 수 있습니다.
양도차익은 원칙적으로 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 뺀 금액으로 계산합니다(소득세법 제92조·제100조). 따라서 실제 지급한 프리미엄이 취득대금의 일부인데도 이를 뒷받침할 자료가 없으면, 그 금액만큼 취득가액이 낮게 인정되어 과세 대상 양도차익이 커질 수 있습니다. 예를 들어 실제 프리미엄을 지급했더라도 계약서·계좌이체 내역 등으로 입증하지 못하면 세무서가 그 비용을 인정하지 않을 가능성이 있습니다.
다만 입주권을 취득할 때 프리미엄을 별도로 신고해야 하는지, 신고 누락 자체에 어떤 제재가 붙는지는 주어진 법령 자료만으로 확정하기 어렵습니다. 취득 단계에서 신고를 빠뜨린 사실과, 나중에 양도소득세 신고에서 취득가액을 실제보다 낮게 신고한 사실은 구분해야 합니다.
이미 양도소득세 신고를 하면서 프리미엄을 취득가액에 넣지 않아 세액을 적게 신고했다면, 일반적인 과소신고는 과소신고 납부세액의 10%, 부정한 방법에 의한 과소신고는 해당 부정 부분에 **40%**의 가산세가 적용될 수 있습니다(국세기본법 제47조의3). 부정행위 여부는 단순 누락인지, 허위 계약서 작성·거래 은폐 등 적극적인 행위가 있었는지에 따라 달라집니다. 납부가 늦어진 세액에는 납부지연가산세도 별도로 붙을 수 있습니다.
지금 할 일은 다음과 같습니다.
프리미엄을 실제로 지급했는지, 계약서에 기재되어 있는지, 이미 양도세 신고를 했는지에 따라 결과가 달라집니다. 특히 현금 지급이거나 계약서 기재액과 실제 지급액이 다르면 입증과 부정행위 판단이 쟁점이 될 수 있습니다.