대납 업무에 대해 별도의 수수료를 받지 않는 경우, 대납한 비용을 고객사에게 매출 청구할 때 세금계산서 발행은 어떻게 해야 하나요?

대납 업무에 별도 수수료가 없다는 사실만으로 DO 비용을 매출에서 제외할 수 있는 것은 아닙니다. 귀사 명의로 세금계산서를 받은 비용을 고객사에 청구하는 현재 구조라면, 실제 비용만 청구하고 이윤을 붙이지 않았더라도 귀사 공급의 대가에 포함될 가능성이 있어 고객사 청구액을 매출로 처리하는 쪽이 안전합니다.

수수료 유무는 대납 업무 자체에 별도 용역대가를 받는지 판단하는 요소입니다. 하지만 부가가치세 과세표준은 고객에게서 받는 대가를 기준으로 하므로, 비용을 원가 그대로 청구했다는 이유만으로 매출에서 빠지는 것은 아닙니다. 부가가치세법 제29조는 공급가액에 공급받는 자로부터 받는 금전적 대가를 포함하도록 정하고 있습니다.

대납 정산액으로 매출에서 제외하려면, DO 비용의 실질적인 부담자가 고객사이고 귀사는 그 고객사 비용을 지급만 대행했다는 점이 거래관계와 증빙에서 확인되어야 합니다. 그런데 공급자가 귀사를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급했다면, 귀사가 비용을 공급받고 고객사에 다시 청구하는 구조로 보일 수 있어 단순 대납 처리와 맞지 않을 수 있습니다. 고객사의 사전 컨펌이나 별도 수수료가 없다는 사정만으로 이 점이 해결되지는 않습니다.

따라서 현재 사실관계에서는 DO 비용 청구액을 서비스 대가와 구분해 표시하더라도, 우선 귀사의 매출에 포함하는 방식으로 처리하는 것이 타당합니다. 고객에게 발급할 세금계산서의 세율·발급 여부는 해당 청구가 귀사가 공급한 과세 용역의 대가인지, 고객 부담 비용의 진정한 대납인지 확인해 판단해야 하며, 매입 세금계산서가 영세율이라는 이유만으로 고객 청구도 영세율이 되는 것은 아닙니다.

장부상 매입으로 잡은 비용을 고객에게 청구하면서 매출에서 제외하려면 거래 구조와 증빙이 일치하는지 특히 확인하셔야 합니다. 계약상 비용 부담자, DO 인보이스의 수취인, 실제 지급액과 고객 청구액, 고객사 요청·정산 자료를 함께 보관하시고, 향후 진정한 대납으로 처리하려면 공급자 증빙과 계약상 비용 부담 관계도 그에 맞게 정리하는 것이 좋습니다.