관세 면제는 물품이 법정 면제 대상인지 확인한 뒤, 원칙적으로 수입신고가 수리되기 전에 감면신청서를 세관장에게 제출해야 합니다.
「관세법 시행령」 제112조에 따르면 신청서에는 다음 내용을 적어야 합니다.
신청서에 붙일 서류는 면제 유형에 따라 달라집니다. 예를 들어 특정 물품 면제 중 일부는 주무부처 또는 위임받은 기관의 확인이 필요하고, 재난·방사능 긴급사태 구호를 위한 기증품은 기증 사실 증명서와 해당 목적에 관한 확인이 필요합니다. 세관장이 물품의 수량이나 가격 등을 고려해 필요 없다고 인정하면 일부 확인·증명을 생략할 수 있습니다.
수입신고 수리 전에 신청하지 못한 경우에도 제한적인 예외가 있습니다. 세관에서 부족 관세를 고지받은 경우에는 고지받은 날부터 5일 이내, 그 밖의 사유로 미리 신청하지 못한 경우에는 물품이 보세구역에서 반출되지 않은 때에 한해 수입신고 수리일부터 15일 이내에 신청할 수 있습니다. 이 예외에 해당하지 않으면 뒤늦은 신청이 받아들여지지 않을 수 있으므로, 가능한 한 수입신고 수리 전에 제출하시는 것이 안전합니다.
또한 면제받은 물품은 유형에 따라 사후관리 대상이 될 수 있습니다. 관세법 제102조가 적용되는 물품은 정해진 기간 동안 면제받은 용도와 다르게 사용하거나 양도하지 못할 수 있으므로, 물품의 면제 근거와 사후관리 여부도 함께 확인하셔야 합니다.