선적확인서와 영세율계산서의 금액이 다른 경우, 원칙적으로는 일치해야 합니다. 만약 금액이 다르다면, 이는 사실과 다른 계산서 발급에 해당하여 가산세가 부과될 수 있습니다. 다만, 용역 공급 대가에 대해 당사자 간 다툼이 있어 법원의 판결로 대가가 확정되는 경우에는 해당 판결에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다.
원칙적 일치 의무: 재화 또는 용역의 공급에 대한 계산서는 실제 거래 내용과 일치해야 합니다. 선적확인서는 재화의 선적 사실을 증명하는 서류이고, 영세율계산서는 영세율이 적용되는 거래에 대한 계산서이므로, 두 서류에 기재된 금액은 동일해야 합니다.
가산세 부과 가능성: 재화 공급일과 세금계산서 작성일자를 다르게 하여 교부한 경우 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 가산세가 적용될 수 있습니다. 이는 금액 차이에도 유사하게 적용될 수 있습니다.
법원 판결에 따른 수정: 용역의 공급 대가에 대해 당사자 간 다툼이 있어 법원의 판결로 대가가 확정되는 경우, 해당 판결에 따라 추가 또는 차감되는 금액이 발생하면 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다. 이 경우 법원의 판결에 의해 확정된 금액이 공급시기가 됩니다.