전자 매출세금계산서를 지연발급해 같은 거래에 지연발급 가산세가 적용되는 경우, 그 거래분에는 매출처별 세금계산서합계표 불성실 가산세를 중복 적용하지 않습니다. 따라서 질문하신 거래의 공급가액 1,672,736원에 합계표 가산세를 더해 계산하지 않는 것이 원칙입니다.
부가가치세법 제60조제2항제1호는 세금계산서 발급시기가 지난 뒤 해당 과세기간의 확정신고기한까지 발급한 경우 **공급가액의 1%**를 가산세로 정합니다. 같은 조 제9항제2호는 제2항(제2호는 제외)이 적용되는 부분에 제6항의 합계표 가산세를 적용하지 않도록 하고 있습니다. 즉, 지연발급 가산세가 적용되는 바로 그 공급분에는 합계표 가산세가 별도로 붙지 않습니다.
따라서 질문의 거래에 지연발급 가산세를 계산한다면 기준은 부가세 167,273원이 아니라 공급가액 1,672,736원입니다. 지연발급 가산세율 1%를 적용하면 계산액은 16,727.36원입니다. 실제 신고·납부액의 원 단위 처리 방식은 신고 과정에서 확인하셔야 합니다.
합계표 자체를 누락하거나 거래처 등록번호·공급가액을 잘못 적은 경우의 가산세율은 일반적으로 해당 공급가액의 0.5%이고, 예정신고 때 내지 못한 합계표를 해당 과세기간 확정신고 때 제출하는 경우에는 0.3%가 규정되어 있습니다. 다만 이는 지연발급 가산세가 적용되는 같은 공급분에는 중복 적용하지 않는다는 점에 유의하세요. 다른 거래분의 합계표 오류·누락이라면 그 부분은 별도로 판단할 수 있습니다.
공급일이 2016년 12월 20일 전인지 여부에 따라 개정 규정이 아닌 종전 규정이 적용될 수 있으므로, 해당 거래의 공급일도 함께 확인하셔야 합니다.