총공사대금 2억 원으로 면세 공사를 진행했으나 인허가상 과세 공사로 전환되어 10%의 부가세를 부담해야 하는 상황입니다. 이때 총공사대금 전체에 대해 10%를 지급해야 하나요, 아니면 자재비 부가세를 제외한 용역비에 대해서만 부가세를 지급하면 되나요?

자재를 살 때 시공사가 부담한 부가가치세를 공사대금에서 빼고, 인건비 등 용역비에 대해서만 부가가치세를 내는 방식은 원칙적으로 아닙니다. 공사 전체가 과세 대상이고 시공사가 자재를 포함해 공사를 공급했다면, 과세표준은 자재비와 용역비를 합한 공사 대가를 기준으로 계산합니다.

다만, 2억 원이 부가가치세를 포함한 총액인지, 부가가치세 별도 금액인지에 따라 추가 지급액이 달라집니다. 10% 과세를 전제로 하면 다음과 같습니다.

• 계약서에 **“부가가치세 별도”**라고 정해져 있고 2억 원이 공급가액이라면, 부가가치세는 2,000만 원입니다.
• 계약서에 **“부가가치세 포함”**이라고 정했거나, 부가가치세 포함 여부가 분명하지 않은 대가라면, 2억 원 안에 세금이 포함된 것으로 보아 부가가치세 부분은 약 1,818만 원입니다. 이 경우 총 지급액은 원칙적으로 2억 원입니다.

「부가가치세법」 제29조제7항은 대가에 부가가치세가 포함됐는지 분명하지 않으면 받은 금액에 100/110을 곱해 공급가액을 계산하도록 합니다. 따라서 시공사가 “인허가상 과세공사로 바뀌었다”는 이유만으로 자동으로 2억 원에 10%를 더 청구할 수 있는 것은 아니며, 계약서의 부가세 부담 약정과 2억 원이 총액인지 공급가액인지를 먼저 확인하셔야 합니다.

시공사가 자재를 매입하면서 낸 부가가치세는 시공사의 매입세액 문제입니다. 과세사업에 사용한 자재라면 시공사가 매입세액 공제를 검토할 수 있으므로, 그 금액을 고객이 낼 부가가치세에서 직접 빼는 것은 아닙니다. 공사대금에 자재비가 포함됐다는 이유만으로 자재 부분을 과세표준에서 제외할 수도 없습니다. 다만 자재 공급과 시공용역이 계약상 실제로 별개의 공급으로 구분된 경우에는 거래 내용을 따로 검토해야 합니다.

「부가가치세법」 제29조제3항은 공급받는 자에게서 받는 대가 중 부가가치세를 제외한 금액을 공급가액으로 보며, 제37조제1항은 이 과세표준에 세율을 적용해 매출세액을 계산하도록 합니다. 따라서 계약서, 견적서, 세금계산서 발급 여부와 ‘부가세 별도’ 문구를 대조해 추가 청구액을 판단하시는 것이 우선입니다. 인허가 변경만으로 공사 전체가 과세 대상이 되는지는 실제 공급 내용과 적용되는 면세 요건에 따라 달라질 수 있어, 그 전제 자체도 별도로 확인해야 합니다.