거주주택 비과세 특례를 적용받은 후 임대기간 요건을 채우지 못하면 어떤 불이익이 발생하나요?

거주주택 비과세 특례를 먼저 적용받았더라도 임대기간 요건을 나중에 채우지 못하면, 원칙적으로 요건 미충족 사유가 발생한 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 다시 계산해 신고·납부해야 합니다.

「소득세법 시행령」 제155조제21항·제22항은 임대기간을 다 채우기 전에 거주주택을 양도한 경우에도 우선 특례를 적용할 수 있게 하되, 이후 임대기간 요건을 지키지 못하면 세액을 정산하도록 합니다. 임대의무주택 수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘는 경우도 요건 미충족 사유에 포함됩니다.

추가 납부세액은 다음 차액으로 계산합니다.

• 거주주택 양도 당시 임대주택을 장기임대주택으로 보지 않았을 경우 납부했을 세액
• 빼기: 거주주택 양도 당시 비과세 특례를 적용해 납부한 세액

따라서 특례로 당시 세금을 내지 않았다면, 일반적으로는 임대주택을 장기임대주택으로 보지 않았을 때의 세액을 기준으로 추가 납부액을 산정하게 됩니다. 정확한 금액은 양도 당시의 양도차익·공제·세율 등을 다시 계산해야 합니다.

다만, 법령상 임대기간 산정 특례에 해당하면 곧바로 요건 미충족으로 보지 않을 수 있습니다. 예를 들어 법률에 따른 수용이나 상속 등으로 임대를 계속하기 어려운 경우, 재건축·재개발 또는 리모델링으로 임대하지 못한 일정 기간을 임대 공백기간 계산에서 제외하는 경우가 있습니다. 또 일정한 폐지 임대주택 유형이 임대의무기간의 절반 이상 임대한 뒤 자진말소되거나 의무기간 종료로 등록이 말소된 경우에는, 요건을 갖추면 등록말소일에 임대기간을 충족한 것으로 보는 예외가 있습니다. 적용 여부는 주택 유형, 등록·말소 사유와 시기 등에 따라 달라집니다.

사유 발생일과 임대차·등록 자료를 확인해 2개월 기한을 놓치지 않도록 신고·납부 여부를 검토하셔야 합니다. 적용 가능한 산정 특례가 있는지도 함께 확인해야 하며, 단순히 임대등록이 말소됐다는 이유만으로 모두 추징되거나 모두 면제되는 것은 아닙니다.