주주인 임원이 연구전담요원에서 제외되는 구체적인 지분율 기준은 무엇인가요?

연구·인력개발비 세액공제에서 주주인 임원은 지분이 10%를 초과하거나, 지배주주등에 해당하거나, 그에 해당하는 주주 등의 특수관계인이면 원칙적으로 연구전담요원에서 제외됩니다. 따라서 지분율 기준만 보면 10% 초과가 제외 기준이고, 정확히 10%는 그 기준만으로는 제외되지 않습니다. 다만 지배주주등 여부나 특수관계 여부는 지분율과 별도로 확인해야 합니다.

2026년 과세연도 기준으로 조세특례제한법 시행규칙 제7조제3항은 다음의 주주인 임원을 제외 대상으로 정합니다.

• 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하면 회사 발행주식의 10%를 초과하여 소유하게 되는 사람
• 해당 법인의 주주이면서 법인세법 시행령 제43조제7항에 따른 지배주주등이거나, 발행주식의 10%를 초과하여 소유하는 주주
• 위 주주 등에 해당하는 사람(법인 포함)의 특수관계인. 다만, 법인세법 시행령 제2조제8항제7호에 해당하는 사람이 해당 법인의 임원인 경우는 이 특수관계인 제외 규정에서 제외됩니다.

따라서 10% 초과 주주인 임원은 제외되고, 10% 이하라도 지배주주등에 해당하면 제외될 수 있습니다. 반대로 지분율이 10%를 넘지 않는다는 사실만으로 공제대상이라고 단정할 수는 없습니다. 주주가 아닌 임원은 이 조항의 ‘주주인 임원’ 제외 기준과는 구분되며, 실제 연구업무 종사 등 다른 요건은 별도로 충족해야 합니다.

사업연도 중 주식을 취득해 10% 초과가 되는 등 제외 사유가 발생했다면, 관련 유권해석상 제외 사유 발생일 이전 기간에 해당하는 인건비는 요건을 갖춘 경우 공제 적용이 가능합니다. 따라서 주식 변동일과 연구업무 수행 기간을 구분해 급여·인사·주주명부 등 자료를 함께 정리하는 것이 중요합니다.