개인 간이과세자는 2021년 7월 1일 이후 공급받거나 수입신고한 면세농산물 등에 대해 의제매입세액공제를 받을 수 없습니다. 세금계산서를 발급받았는지와 관계없이 적용되지 않습니다.
의제매입세액공제는 면세 농·축·수·임산물을 원재료로 사용해 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급하는 사업자에게 인정되는 제도지만, 간이과세자는 위 기준일 이후 공제 대상에서 제외됩니다. 따라서 음식점을 운영하는 개인 간이과세자도 해당 기간의 식재료 매입에 대해 이 공제를 신청할 수 없습니다.
다만 2021년 6월 30일까지 공급받았거나 수입신고한 건은 당시 규정에 따라 공제 가능 여부를 판단할 수 있습니다. 또 개인사업자라도 간이과세자가 아니라 일반과세자라면, 면세 농·축·수·임산물을 과세사업의 원재료로 사용하는 등 요건을 갖춘 경우 공제 대상이 될 수 있습니다.
일반과세자가 공제를 신청할 때는 의제매입세액 공제신고서와 매입처별 계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수령명세서를 제출해야 합니다. 제조업자가 농어민에게 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 공제신고서만 제출하는 예외가 있습니다.