구내식당 식자재의 부가가치세 공제 여부는 식당의 음식 제공이 과세인지 면세인지, 그리고 식자재에 실제로 부가가치세가 붙었는지에 따라 달라집니다. 특히 일정한 사업장·학교가 직원이나 학생의 복리후생을 위해 구내식당을 직접 운영하는 경우에는 식사류 제공이 면세될 수 있어, 그 음식 제공에 쓰인 식자재 매입세액은 원칙적으로 공제받기 어렵습니다.
구내식당 음식 제공이 면세될 수 있는 대표적인 경우는 공장·광산·건설현장·노선 여객자동차운송사업장 경영자가 종업원 복리후생을 위해 사업장 안에서 식당을 직접 운영하는 경우, 또는 학교 경영자가 학생 복리후생을 위해 학교 안에서 직접 운영하는 경우입니다. 이 면세 특례는 식사류에 한정되며, 위탁급식 등은 별도 요건에 따라 판단해야 합니다.
따라서 먼저 식자재를 사는 사업자가 구내식당 운영자인지 위탁급식업체인지, 실제 음식 제공이 면세 요건에 해당하는지, 매입 증빙에 부가가치세가 구분되어 있는지를 확인해 신고에 반영하셔야 합니다. 면세·과세 사업에 함께 쓰는 식자재는 사용처를 구분하고, 구분이 어려운 경우에는 안분 여부를 검토해야 합니다.