2019년 장부만 수정하고 경정청구를 하지 않으면 장부상 기록은 바로잡을 수 있어도, 이미 신고·납부한 세금이 자동으로 줄거나 환급되지는 않습니다. 신고된 세액은 그대로 남습니다.
장부 수정은 회계기록을 사실에 맞게 고치는 일이고, 경정청구는 세무서에 이미 신고한 과세표준·세액을 다시 계산해 달라고 요청하는 절차입니다. 따라서 2019년 가지급금이나 인정이자 처리를 바로잡더라도, 그 변경 때문에 세금이 과다 납부됐다는 점을 경정청구 등으로 별도로 다투지 않으면 환급으로 이어지지 않습니다. 상여처분이나 원천징수 세액도 장부 수정만으로 취소되거나 정정되는 것은 아닙니다.
다만 장부를 수정할 때는 당시 실제 거래와 증빙에 맞는지가 중요합니다. 공동대표 이름으로 기재된 가지급금이라면 이름만 바꾸거나 임의로 나누기보다, 법인에서 돈이 나간 내역, 직원 또는 대출기관에 실제 갚은 내역, 채무 인수 자료와 각 대표자의 사용·상환 내역을 맞춰야 합니다. 세무 신고는 그대로인데 회계장부만 바뀌면 장부와 신고자료 사이에 차이가 남으므로, 수정 이유와 계산 근거, 증빙을 함께 보관하고 세무조정 내역과도 대조하셔야 합니다.
일반적인 국세 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내가 원칙입니다(국세기본법 제45조의2). 2019년 신고분은 신고기한과 실제 청구 시점에 따라 일반 청구기간이 이미 지났을 가능성이 큽니다. 다만 법에서 정한 별도의 사유가 생긴 경우에는 그 사유를 안 날부터 3개월 이내 청구할 수 있는 경우가 있으므로, 해당 사유가 실제로 있는지는 따로 판단해야 합니다. 기간이 지났다면 단순히 장부를 고치는 것만으로 경정청구 기간이 다시 시작되지는 않습니다.
실무적으로는 먼저 2019년 장부를 수정하는 근거와 세무조정·상여처분 자료를 정리하고, 그 수정이 실제 세액을 바꾸는지 계산한 뒤 청구기간 안에 있는지 검토하셔야 합니다. 세액 변화가 없거나 청구기간이 지났다면, 장부 수정만으로 과거 세금을 돌려받기는 어렵습니다.