재건축 후 주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖췄더라도 양도가액이 12억 원을 초과하면, 전체 양도차익과 장기보유특별공제액에 각각 ‘12억 원 초과 비율’을 적용해 과세대상 금액을 계산합니다.
예를 들어 양도가액이 15억 원이면 초과 비율은 **(15억 원−12억 원)÷15억 원 = 20%**입니다. 전체 양도차익과 전체 장기보유특별공제액의 각각 20%가 과세 계산에 반영됩니다. 따라서 단순히 양도가액에서 12억 원을 뺀 3억 원이 과세대상 양도차익이 되는 것은 아닙니다.
소득세법 제95조제3항 및 소득세법 시행령 제160조제1항의 계산식은 2021년 12월 8일 이후 양도분부터 12억 원 기준으로 적용됩니다. 이 방식은 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 고가주택을 전제로 합니다. 그 요건을 충족하지 못하면 양도차익 전체에 대한 과세 여부와 계산이 달라질 수 있습니다.
재건축 과정에서 청산금을 납부했거나 종전주택분과 신축주택분의 보유기간·양도차익을 나눠야 한다면 장기보유특별공제 계산도 구분될 수 있습니다. 정확한 세액은 양도가액, 취득가액과 필요경비, 보유·거주기간, 청산금 및 다른 양도자산 여부를 함께 반영해야 하며, 산출세액에는 지방소득세가 별도로 붙습니다.