운용리스 차량의 자동차세는 리스 계약의 형태에 따라 회계처리 방법이 달라집니다. 일반적으로 운용리스의 경우 자동차세는 월 리스료에 포함되어 리스회사가 납부하고, 이용자는 이를 리스료와 함께 비용으로 처리합니다. 따라서 별도로 '세금과공과'나 '차량유지비'로 계상하기보다는 '리스비용'으로 처리하는 것이 일반적입니다.
만약 리스료에 자동차세가 포함되지 않아 이용자가 직접 납부하는 경우, 업무용으로 사용된 부분은 '차량운반구 관련 비용'으로 손금산입할 수 있으며, 개인적인 용도로 사용된 부분은 손금불산입 처리됩니다.