직원 치료비를 사업장에서 대납한 경우 부가세 비용처리가 가능한가?

직원의 치료비를 사업장에서 대납한 경우, 해당 비용은 원칙적으로 직원의 근로소득에 해당하여 부가가치세 매입세액 공제 대상이 아닙니다. 다만, 특정 조건 하에서는 복리후생비로 인정되어 비용 처리가 가능할 수 있습니다.

• 근로소득 해당: 회사가 임직원의 의료비를 대신 부담하거나 의료비 지원금을 지급하는 경우, 이는 직원의 근로소득으로 간주됩니다. 따라서 해당 금액에 대해 근로소득세를 원천징수해야 합니다.
• 복리후생비 인정 예외: 건강검진 관련 법률 등에 따라 모든 임직원에게 건강검진을 실시하는 비용은 법인의 손금으로 인정되며, 임직원의 근로소득에 해당하지 않습니다. 이 경우 부가가치세 매입세액 공제는 별개로 판단해야 합니다.
• 개인사업자의 경우: 개인사업장에서 업무 중 발생한 직원의 치료비는 복리후생비로 처리할 수 있으며, 이는 소득세법상 비과세 소득에 해당하므로 근로소득으로 원천징수하지 않습니다. 다만, 업무 관련성을 입증할 수 있는 증빙 자료를 반드시 구비해야 합니다.