연구·인력개발비 세액공제 신청 시 세무조사에 어떻게 대비해야 하나요?

연구·인력개발비 세액공제 신청 후 세무조사에 대비하기 위해서는 철저한 증빙자료 준비와 연구 활동의 명확한 정리가 중요합니다. 또한, 국세청의 사전심사 제도를 활용하여 세무상 불확실성을 해소하는 것이 효과적입니다.

• 증빙자료 철저히 준비: 연구원들의 근무 기록, 급여 지급 내역, 연구개발 관련 과제 수행 기록, 보고서, 연구일지, 연구비 지출 내역, 영수증, 계약서 등 모든 관련 증빙자료를 꼼꼼하게 보관해야 합니다.
• 연구원의 업무 내역 명확화: 연구원이 실제로 연구개발 업무만을 수행했는지 확인하고, 연구개발과 무관한 업무(홍보, 영업 등)를 겸직한 연구원이 있다면 즉시 수정해야 합니다. 한국산업기술진흥협회(KOITA) 연구원 등록 여부도 미리 점검하는 것이 좋습니다.
• 연구개발비 성격 정확히 구분: 연구개발과 직접 관련된 비용과 일반 관리비용을 명확히 구분해야 합니다. 특히 수탁 연구개발이나 공동 연구개발을 수행한 경우, 관련 계약서와 비용 정산 자료를 체계적으로 정리하고, 국고보조금을 활용한 연구개발비는 세액공제 대상에서 제외해야 합니다.
• 국세청 사전심사 제도 활용: 법인세(소득세) 신고 전에 국세청에 연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 신청하여 적정성 여부를 미리 확인받을 수 있습니다. 사전심사 결과에 따라 신고하면 신고 내용 확인 및 사후관리 대상에서 제외되며, 추후 과세 처분이 되더라도 과소신고 가산세가 면제되는 혜택이 있습니다.