투자 관련 등기 변경 시 발생하는 법무수수료는 원칙적으로 매입세액 공제가 가능합니다. 다만, 해당 법무수수료가 사업과 직접 관련이 없는 지출로 판단되거나, 주주의 투자자산 운용과 직접 관련된 비용으로 판단되는 경우에는 매입세액이 불공제될 수 있습니다.
매입세액 공제 원칙: 부가가치세 납부세액은 사업자가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역을 공급받을 때 부담한 매입세액을 공제하여 계산합니다.
매입세액 불공제 예외: 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다. 예를 들어, 주식의 매각은 부가가치세 과세 대상이 아니므로 주식 매각과 관련하여 지출한 법무수수료 등은 사업과 관련 없는 매입세액으로 보아 불공제될 수 있습니다. 그러나 주식의 발행·취득 관련 비용이 과세사업 확장이나 자금 조달을 위한 비용으로 사업 관련성이 있는 경우에는 매입세액 공제가 가능합니다.
판례의 입장: 법무수수료가 법인의 업무와 관련 있는 비용으로 인정되는 경우 손금에 산입하고 부가가치세 매입세액을 공제하는 것이 타당하다는 판례가 있습니다. 즉, 투자 관련 등기 변경 수수료가 법인의 사업 목적 달성을 위한 필수적인 지출로 인정되면 매입세액 공제가 가능합니다.