비영리법인이 부동산 임대사업을 하는 경우, 민간임대주택법에 따라 임대주택으로 등록하면 취득세, 재산세, 소득세 등의 세금 감면 혜택을 받을 수 있습니다. 다만, 법인의 임대주택 양도 시에는 중과세 및 장기보유특별공제가 적용되지 않을 수 있으며, 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가과세가 적용될 수 있습니다. 그러나 「법인세법 시행령」 제92조의2 제2항 제1호부터 제1호의4까지에 해당하는 임대주택은 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 과세되지 않습니다.
세금 감면 혜택을 받기 위해서는 해당 부동산이 비영리법인의 고유사업에 직접 사용되어야 합니다. 단순히 비영리법인이 지원 대상 업종에 해당한다고 해서 취득세가 감면되는 것은 아니며, 취득세 과세 대상 물건이 해당 사업에 직접 사용되어야 감면 또는 면제 혜택을 받을 수 있습니다.