전산조직을 여러 프로그램으로 운영하는 경우, 전산조직운용명세서는 법인 전체를 대상으로 하나의 통합 명세서를 작성합니다. 각 프로그램별로 시스템 개요·처리 절차·통제·운용 매뉴얼·파일 목록·레코드 포맷·흐름도·소스코드·계정표 등을 상세히 기재하고, 전산매체(테이프·디스크 등)에 보관·유지합니다. 전자신고 시 별도 제출 없이 법인세 신고서에 첨부하고, 전자신고를 하지 않을 경우 신고서에 합철해 관할세무서에 제출합니다.