원천징수 후 추가 납부가 발생하는 경우는 크게 세 가지입니다. ① 원천징수이행상황신고서 제출 후 실제 소득·세액이 신고 내용과 다르면, 이미 제출한 신고서를 수정하고 차액을 추가 납부해야 합니다. ② 추가 납부세액이 10만원을 초과하면, 원천징수의무자는 다음 연도 2월~4월 급여에서 차례로 원천징수하여 분납할 수 있습니다(소득세법 제137조). ③ 원천징수된 세액이 종합소득세 산출세액을 초과하면 초과액을 근로자에게 환급해야 합니다(소득세법 제137조).