협동조합이 부가가치세를 원천징수하는 경우는 없습니다. 부가가치세는 공급자가 매출에 대해 부과·징수하는 세금이며, 원천징수는 소득세·원천세에 적용되는 제도입니다. 협동조합이 용역·재화 공급 시 부가세는 매출세액으로 징수하고, 개인에게 지급되는 대가에 대해서는 소득세 원천징수(원천세)만 적용됩니다. 따라서 부가세를 원천징수하거나 예수금 형태로 보관·예치하는 것은 허용되지 않으며, 부가세는 매출·매입 세액 정산을 통해 납부하고, 원천징수는 소득세에 한해 별도 원천징수세액을 납부합니다.