지점과 본점 간에 부가가치세가 중복 납부된 경우, 지점 관할 세무서에 경정청구를 하여 지점에서 이중 납부한 세액을 환급받아야 합니다. 부가가치세는 사업장별로 신고·납부하도록 규정돼 있어, 본점이 발행한 세금계산서로 지점이 매출을 신고한 경우에도 지점 자체의 신고·납부 의무가 존재합니다.
지점에서 중복 납부된 세액은 지점 관할 세무서가 착오 납부액을 환급조치합니다(부가가치세법 제60조제2항제2호·제5호).
부가가치세는 사업장마다 별도로 신고·납부해야 하므로, 본점이 지점 매출을 본점 매출에 포함해 신고한 경우는 효력이 없으며, 지점에 가산세가 부과될 수 있습니다(조셈‑2011‑서‑1450).
세적 전출 등으로 인한 이중 납부 시에도 새로운 세적지 관할 세무서에서 환급받아야 합니다(부가0022601‑794).