이자 원천징수가 누락된 경우, 먼저 홈택스 등 전자신고를 통해 원천징수이행신고서를 수정·자진신고하고 미납 세액을 납부해야 합니다. 이때 연 20% 이하 가산세와 연 0.025~0.05%의 지연이자를 함께 납부합니다. 차용증에 이자 약정·실제 지급 내역을 보완해 증빙을 확보하면 추후 증여세 판단을 방지할 수 있습니다.